CRATE
Contents:
1. Overview
2. Package elements in brief
3. Reference publications
4. Installing CRATE
5. Preprocessing tools
6. Anonymisation
7. Natural language processing (NLP)
8. Configuring the CRATE web interface
9. Using the CRATE web interface
10. Ancillary tools
11. FAQs and troubleshooting
12. Linkage tools
13. Additional notes
14. Automatic documentation of source code
14.1. crate_anon/anonymise
14.2. crate_anon/common
14.3. crate_anon/crateweb
14.3.1. crate_anon.crateweb.__init__
14.3.2. crate_anon.crateweb.anonymise_api.__init__
14.3.3. crate_anon.crateweb.anonymise_api.constants
14.3.4. crate_anon.crateweb.anonymise_api.serializers
14.3.5. crate_anon.crateweb.anonymise_api.tests
14.3.6. crate_anon.crateweb.anonymise_api.urls
14.3.7. crate_anon.crateweb.anonymise_api.views
14.3.8. crate_anon.crateweb.config.__init__
14.3.9. crate_anon.crateweb.config.apps
14.3.10. crate_anon.crateweb.config.constants
14.3.11. crate_anon.crateweb.config.settings
14.3.12. crate_anon.crateweb.config.test_settings
14.3.13. crate_anon.crateweb.config.urls
14.3.14. crate_anon.crateweb.config.wsgi
14.3.15. crate_anon.crateweb.consent.__init__
14.3.16. crate_anon.crateweb.consent.celery
14.3.17. crate_anon.crateweb.consent.constants
14.3.18. crate_anon.crateweb.consent.forms
14.3.19. crate_anon.crateweb.consent.lookup
14.3.20. crate_anon.crateweb.consent.lookup_common
14.3.21. crate_anon.crateweb.consent.lookup_crs
14.3.22. crate_anon.crateweb.consent.lookup_dummy
14.3.23. crate_anon.crateweb.consent.lookup_rio
14.3.24. crate_anon.crateweb.consent.lookup_systmone
14.3.25. crate_anon.crateweb.consent.management.__init__
14.3.26. crate_anon.crateweb.consent.management.commands.__init__
14.3.27. crate_anon.crateweb.consent.management.commands.email_rdbm
14.3.28. crate_anon.crateweb.consent.management.commands.fetch_optouts
14.3.29. crate_anon.crateweb.consent.management.commands.lookup_consent
14.3.30. crate_anon.crateweb.consent.management.commands.lookup_patient
14.3.31. crate_anon.crateweb.consent.management.commands.make_ethics_pack
14.3.32. crate_anon.crateweb.consent.management.commands.populate
14.3.33. crate_anon.crateweb.consent.management.commands.resubmit_unprocessed_tasks
14.3.34. crate_anon.crateweb.consent.management.commands.test_email
14.3.35. crate_anon.crateweb.consent.migrations.0001_initial
14.3.36. crate_anon.crateweb.consent.migrations.0002_auto_20160621_1511
14.3.37. crate_anon.crateweb.consent.migrations.0003_auto_20160628_1301
14.3.38. crate_anon.crateweb.consent.migrations.0004_auto_20160703_1530
14.3.39. crate_anon.crateweb.consent.migrations.0005_auto_20170203_1348
14.3.40. crate_anon.crateweb.consent.migrations.0006_auto_20170206_1617
14.3.41. crate_anon.crateweb.consent.migrations.0007_auto_20170228_1052
14.3.42. crate_anon.crateweb.consent.migrations.0008_auto_20170507_1218
14.3.43. crate_anon.crateweb.consent.migrations.0009_auto_20180629_1132
14.3.44. crate_anon.crateweb.consent.migrations.0010_auto_20180629_1238
14.3.45. crate_anon.crateweb.consent.migrations.0011_auto_20181022_0801
14.3.46. crate_anon.crateweb.consent.migrations.0012_auto_20181102_1335
14.3.47. crate_anon.crateweb.consent.migrations.0013_auto_20181223_1124
14.3.48. crate_anon.crateweb.consent.migrations.0014_contactrequest_rdbm_to_contact_pt
14.3.49. crate_anon.crateweb.consent.migrations.0015_auto_20190104_1255
14.3.50. crate_anon.crateweb.consent.migrations.0016_auto_20190212_1118
14.3.51. crate_anon.crateweb.consent.migrations.0017_replace_nullbooleanfield
14.3.52. crate_anon.crateweb.consent.migrations.__init__
14.3.53. crate_anon.crateweb.consent.models
14.3.54. crate_anon.crateweb.consent.storage
14.3.55. crate_anon.crateweb.consent.tasks
14.3.56. crate_anon.crateweb.consent.teamlookup
14.3.57. crate_anon.crateweb.consent.teamlookup_dummy
14.3.58. crate_anon.crateweb.consent.teamlookup_rio
14.3.59. crate_anon.crateweb.consent.teamlookup_systmone
14.3.60. crate_anon/crateweb/consent/templates/charity_report.html
14.3.61. crate_anon/crateweb/consent/templates/clinician_already_responded.html
14.3.62. crate_anon/crateweb/consent/templates/clinician_confirm_response.html
14.3.63. crate_anon/crateweb/consent/templates/clinician_contact_request_result.html
14.3.64. crate_anon/crateweb/consent/templates/clinician_contact_request_submit.html
14.3.65. crate_anon/crateweb/consent/templates/clinician_notes.html
14.3.66. crate_anon/crateweb/consent/templates/clinician_response.html
14.3.67. crate_anon/crateweb/consent/templates/clinician_response.js
14.3.68. crate_anon/crateweb/consent/templates/consent_lookup_get_nhs.html
14.3.69. crate_anon/crateweb/consent/templates/consent_lookup_result.html
14.3.70. crate_anon/crateweb/consent/templates/consent_table.html
14.3.71. crate_anon/crateweb/consent/templates/contact_after_discharge_permission_phrase.html
14.3.72. crate_anon/crateweb/consent/templates/contact_request_result.html
14.3.73. crate_anon/crateweb/consent/templates/contact_request_submit.html
14.3.74. crate_anon/crateweb/consent/templates/decision_form_to_patient_re_study.html
14.3.75. crate_anon/crateweb/consent/templates/discharged_phrase.html
14.3.76. crate_anon/crateweb/consent/templates/email_clinician.html
14.3.77. crate_anon/crateweb/consent/templates/email_clinician_initiated_cr.html
14.3.78. crate_anon/crateweb/consent/templates/email_rdbm_bad_progress.html
14.3.79. crate_anon/crateweb/consent/templates/email_rdbm_good_progress.html
14.3.80. crate_anon/crateweb/consent/templates/email_rdbm_new_work_pt_from_clinician.html
14.3.81. crate_anon/crateweb/consent/templates/email_rdbm_new_work_pt_from_rdbm.html
14.3.82. crate_anon/crateweb/consent/templates/email_rdbm_new_work_researcher.html
14.3.83. crate_anon/crateweb/consent/templates/email_researcher_approval.html
14.3.84. crate_anon/crateweb/consent/templates/email_researcher_withdrawal.html
14.3.85. crate_anon/crateweb/consent/templates/exclusion_report.html
14.3.86. crate_anon/crateweb/consent/templates/generate_random_nhs.html
14.3.87. crate_anon/crateweb/consent/templates/letter_patient_confirm_traffic.html
14.3.88. crate_anon/crateweb/consent/templates/letter_patient_first_traffic_light.html
14.3.89. crate_anon/crateweb/consent/templates/letter_patient_from_clinician_re_study.html
14.3.90. crate_anon/crateweb/consent/templates/letter_researcher_approve.html
14.3.91. crate_anon/crateweb/consent/templates/letter_researcher_to_patient_cover_letter_template.html
14.3.92. crate_anon/crateweb/consent/templates/letter_researcher_withdraw.html
14.3.93. crate_anon/crateweb/consent/templates/office_div.html
14.3.94. crate_anon/crateweb/consent/templates/patient_lookup_get_nhs.html
14.3.95. crate_anon/crateweb/consent/templates/patient_lookup_result.html
14.3.96. crate_anon/crateweb/consent/templates/patient_p.html
14.3.97. crate_anon/crateweb/consent/templates/patient_table.html
14.3.98. crate_anon/crateweb/consent/templates/phrase_green.html
14.3.99. crate_anon/crateweb/consent/templates/phrase_never_affect.html
14.3.100. crate_anon/crateweb/consent/templates/phrase_never_affect_personal.html
14.3.101. crate_anon/crateweb/consent/templates/phrase_red.html
14.3.102. crate_anon/crateweb/consent/templates/phrase_yellow.html
14.3.103. crate_anon/crateweb/consent/templates/signature_box_patient.html
14.3.104. crate_anon/crateweb/consent/templates/study_table.html
14.3.105. crate_anon/crateweb/consent/templates/test_email_rdbm_ack.html
14.3.106. crate_anon/crateweb/consent/templates/traffic_light_decision_form.html
14.3.107. crate_anon.crateweb.consent.utils
14.3.108. crate_anon.crateweb.consent.views
14.3.109. crate_anon.crateweb.core.__init__
14.3.110. crate_anon.crateweb.core.admin
14.3.111. crate_anon.crateweb.core.auth_views
14.3.112. crate_anon.crateweb.core.constants
14.3.113. crate_anon.crateweb.core.context_processors
14.3.114. crate_anon.crateweb.core.management.__init__
14.3.115. crate_anon.crateweb.core.management.commands.__init__
14.3.116. crate_anon.crateweb.core.management.commands.ensuresuperuser
14.3.117. crate_anon.crateweb.core.management.commands.runcpserver
14.3.118. crate_anon.crateweb.core.middleware
14.3.119. crate_anon.crateweb.core.utils
14.3.120. crate_anon.crateweb.core.views
14.3.121. crate_anon.crateweb.extra.__init__
14.3.122. crate_anon.crateweb.extra.admin
14.3.123. crate_anon.crateweb.extra.pdf
14.3.124. crate_anon.crateweb.extra.salutation
14.3.125. crate_anon.crateweb.manage
14.3.126. crate_anon.crateweb.research.__init__
14.3.127. crate_anon.crateweb.research.archive_backend
14.3.128. crate_anon.crateweb.research.archive_func
14.3.129. crate_anon.crateweb.research.errors
14.3.130. crate_anon.crateweb.research.forms
14.3.131. crate_anon.crateweb.research.html_functions
14.3.132. crate_anon.crateweb.research.migrations.0001_initial
14.3.133. crate_anon.crateweb.research.migrations.0002_auto_20170203_1348
14.3.134. crate_anon.crateweb.research.migrations.0003_patientexplorer_patientexploreraudit
14.3.135. crate_anon.crateweb.research.migrations.0004_auto_20170212_0137
14.3.136. crate_anon.crateweb.research.migrations.0005_query_sql_hash
14.3.137. crate_anon.crateweb.research.migrations.0006_patientexplorer_pmq_hash
14.3.138. crate_anon.crateweb.research.migrations.0007_sitewidequery
14.3.139. crate_anon.crateweb.research.migrations.0008_query_display
14.3.140. crate_anon.crateweb.research.migrations.0009_query_no_null
14.3.141. crate_anon.crateweb.research.migrations.0010_query_last_run
14.3.142. crate_anon.crateweb.research.migrations.0011_auto_20190521_2109
14.3.143. crate_anon.crateweb.research.migrations.0012_archiveattachmentaudit_archivetemplateaudit
Migration
14.3.144. crate_anon.crateweb.research.migrations.__init__
14.3.145. crate_anon.crateweb.research.models
14.3.146. crate_anon.crateweb.research.research_db_info
14.3.147. crate_anon.crateweb.research.sql_writer
14.3.148. crate_anon/crateweb/research/templates/clinician_form_all_text_from_pid.html
14.3.149. crate_anon/crateweb/research/templates/clinician_form_all_text_from_pid_choose_db.html
14.3.150. crate_anon/crateweb/research/templates/database_structure.html
14.3.151. crate_anon/crateweb/research/templates/database_structure_table.html
14.3.152. crate_anon/crateweb/research/templates/database_structure_tree.html
14.3.153. crate_anon/crateweb/research/templates/edit_display.html
14.3.154. crate_anon/crateweb/research/templates/highlight_bad_id.html
14.3.155. crate_anon/crateweb/research/templates/highlight_edit_select.html
14.3.156. crate_anon/crateweb/research/templates/include_clinician_warning_lag.html
14.3.157. crate_anon/crateweb/research/templates/include_clinician_warning_yours_only.html
14.3.158. crate_anon/crateweb/research/templates/local_structure_help.html
14.3.159. crate_anon/crateweb/research/templates/page_nav_results.html
14.3.160. crate_anon/crateweb/research/templates/pe_bad.html
14.3.161. crate_anon/crateweb/research/templates/pe_bad_id.html
14.3.162. crate_anon/crateweb/research/templates/pe_build.html
14.3.163. crate_anon/crateweb/research/templates/pe_choose.html
14.3.164. crate_anon/crateweb/research/templates/pe_df_result.html
14.3.165. crate_anon/crateweb/research/templates/pe_missing.html
14.3.166. crate_anon/crateweb/research/templates/pe_monster_result.html
14.3.167. crate_anon/crateweb/research/templates/pe_result.html
14.3.168. crate_anon/crateweb/research/templates/pe_table_browser.html
14.3.169. crate_anon/crateweb/research/templates/pid_abbrev_explanation.html
14.3.170. crate_anon/crateweb/research/templates/pid_lookup_choose_db.html
14.3.171. crate_anon/crateweb/research/templates/pid_lookup_form.html
14.3.172. crate_anon/crateweb/research/templates/pid_lookup_result.html
14.3.173. crate_anon/crateweb/research/templates/query_add_sitewide.html
14.3.174. crate_anon/crateweb/research/templates/query_bad.html
14.3.175. crate_anon/crateweb/research/templates/query_bad_id.html
14.3.176. crate_anon/crateweb/research/templates/query_build.html
14.3.177. crate_anon/crateweb/research/templates/query_count.html
14.3.178. crate_anon/crateweb/research/templates/query_edit_select.html
14.3.179. crate_anon/crateweb/research/templates/query_missing.html
14.3.180. crate_anon/crateweb/research/templates/query_nav.html
14.3.181. crate_anon/crateweb/research/templates/query_none_selected.html
14.3.182. crate_anon/crateweb/research/templates/query_result.html
14.3.183. crate_anon/crateweb/research/templates/query_show.html
14.3.184. crate_anon/crateweb/research/templates/querybuilder_extrahead.html
14.3.185. crate_anon/crateweb/research/templates/querybuilder_form.html
14.3.186. crate_anon/crateweb/research/templates/rid_lookup_choose_db.html
14.3.187. crate_anon/crateweb/research/templates/rid_lookup_form.html
14.3.188. crate_anon/crateweb/research/templates/rid_lookup_result.html
14.3.189. crate_anon/crateweb/research/templates/show_sitewide_queries.html
14.3.190. crate_anon/crateweb/research/templates/source_information.html
14.3.191. crate_anon/crateweb/research/templates/sql_fragment.html
14.3.192. crate_anon/crateweb/research/templates/sqlhelper_form_drug_type_choose_db.html
14.3.193. crate_anon/crateweb/research/templates/sqlhelper_form_drugtype.html
14.3.194. crate_anon/crateweb/research/templates/sqlhelper_form_text_anywhere.html
14.3.195. crate_anon/crateweb/research/templates/sqlhelper_form_text_anywhere_choose_db.html
14.3.196. crate_anon.crateweb.research.tests.factories
14.3.197. crate_anon.crateweb.research.tests.models_tests
14.3.198. crate_anon.crateweb.research.tests.sql_writer_tests
14.3.199. crate_anon.crateweb.research.views
14.3.200. crate_anon/crateweb/specimen_archives/basic/clinical_documents.mako
14.3.201. crate_anon/crateweb/specimen_archives/basic/diagnoses.mako
14.3.202. crate_anon/crateweb/specimen_archives/basic/inherit/base.mako
14.3.203. crate_anon/crateweb/specimen_archives/basic/patient_root.mako
14.3.204. crate_anon/crateweb/specimen_archives/basic/progress_notes.mako
14.3.205. crate_anon/crateweb/specimen_archives/basic/root.mako
14.3.206. crate_anon/crateweb/specimen_archives/basic/search.mako
14.3.207. crate_anon/crateweb/specimen_archives/basic/snippets/attachments.mako
14.3.208. crate_anon/crateweb/specimen_archives/basic/snippets/results_table.mako
14.3.209. crate_anon/crateweb/specimen_archives/basic/test.mako
14.3.210. crate_anon/crateweb/specimen_archives/basic/test_subpanel_1.mako
14.3.211. crate_anon/crateweb/specimen_archives/basic/test_subpanel_2.mako
14.3.212. crate_anon/crateweb/specimen_archives/static/archive.css
14.3.213. crate_anon/crateweb/specimen_archives/static/tree.js
14.3.214. crate_anon/crateweb/specimen_archives/tree/inherit/base.mako
14.3.215. crate_anon/crateweb/specimen_archives/tree/inherit/plotting.mako
14.3.216. crate_anon/crateweb/specimen_archives/tree/nonpatient_root.mako
14.3.217. crate_anon/crateweb/specimen_archives/tree/panels/clinical_documents.mako
14.3.218. crate_anon/crateweb/specimen_archives/tree/panels/crash.mako
14.3.219. crate_anon/crateweb/specimen_archives/tree/panels/nlp.mako
14.3.220. crate_anon/crateweb/specimen_archives/tree/panels/progress_notes.mako
14.3.221. crate_anon/crateweb/specimen_archives/tree/panels/test_plot.mako
14.3.222. crate_anon/crateweb/specimen_archives/tree/patient_root.mako
14.3.223. crate_anon/crateweb/specimen_archives/tree/root.mako
14.3.224. crate_anon/crateweb/specimen_archives/tree/snippets/patient_details.mako
14.3.225. crate_anon/crateweb/specimen_archives/tree/snippets/results_table.mako
14.3.226. crate_anon/crateweb/specimen_archives/tree/snippets/results_table_nlp.mako
14.3.227. crate_anon/crateweb/specimen_archives/tree/snippets/single_nlp_page.mako
14.3.228. crate_anon/crateweb/specimen_archives/tree/snippets/subtree.mako
14.3.229. crate_anon/crateweb/static/base.css
14.3.230. crate_anon/crateweb/static/collapse.js
14.3.231. crate_anon/crateweb/static/extra_styles.css
14.3.232. crate_anon/crateweb/static/querybuilder.js
14.3.233. crate_anon/crateweb/static/web.css
14.3.234. crate_anon/crateweb/templates/404.html
14.3.235. crate_anon/crateweb/templates/405.html
14.3.236. crate_anon/crateweb/templates/500.html
14.3.237. crate_anon/crateweb/templates/about.html
14.3.238. crate_anon/crateweb/templates/admin/edit_once_view_form.html
14.3.239. crate_anon/crateweb/templates/admin/readonly_view_form.html
14.3.240. crate_anon/crateweb/templates/admin/save_only_submit_row.html
14.3.241. crate_anon/crateweb/templates/admin/viewchange_admin_app_index.html
14.3.242. crate_anon/crateweb/templates/admin/viewchange_admin_index.html
14.3.243. crate_anon/crateweb/templates/anonymise_api/home.html
14.3.244. crate_anon/crateweb/templates/base.html
14.3.245. crate_anon/crateweb/templates/base_email.html
14.3.246. crate_anon/crateweb/templates/base_pdf.html
14.3.247. crate_anon/crateweb/templates/base_pdf_letter.html
14.3.248. crate_anon/crateweb/templates/email.css
14.3.249. crate_anon/crateweb/templates/expand_collapse_buttons.html
14.3.250. crate_anon/crateweb/templates/generic_error.html
14.3.251. crate_anon/crateweb/templates/global_header.html
14.3.252. crate_anon/crateweb/templates/home.html
14.3.253. crate_anon/crateweb/templates/include_jquery.html
14.3.254. crate_anon/crateweb/templates/logged_out.html
14.3.255. crate_anon/crateweb/templates/login.html
14.3.256. crate_anon/crateweb/templates/page_nav.html
14.3.257. crate_anon/crateweb/templates/password_change.html
14.3.258. crate_anon/crateweb/templates/pdf.css
14.3.259. crate_anon/crateweb/templates/pdf_footer.html
14.3.260. crate_anon/crateweb/templates/pdf_header.html
14.3.261. crate_anon/crateweb/templates/shortlist_studies.html
14.3.262. crate_anon/crateweb/templates/show_form_errors.html
14.3.263. crate_anon/crateweb/templates/show_hide_buttons.html
14.3.264. crate_anon.crateweb.userprofile.__init__
14.3.265. crate_anon.crateweb.userprofile.forms
14.3.266. crate_anon.crateweb.userprofile.migrations.0001_initial
14.3.267. crate_anon.crateweb.userprofile.migrations.0002_userprofile_sql_scratchpad
14.3.268. crate_anon.crateweb.userprofile.migrations.0003_auto_20160628_1301
14.3.269. crate_anon.crateweb.userprofile.migrations.0004_userprofile_patients_per_page
14.3.270. crate_anon.crateweb.userprofile.migrations.0005_userprofile_patient_multiquery_scratchpad
14.3.271. crate_anon.crateweb.userprofile.migrations.0006_auto_20170212_0137
14.3.272. crate_anon.crateweb.userprofile.migrations.0007_auto_20170507_1218
14.3.273. crate_anon.crateweb.userprofile.migrations.__init__
14.3.274. crate_anon.crateweb.userprofile.models
14.3.275. crate_anon/crateweb/userprofile/templates/edit_profile.html
14.3.276. crate_anon.crateweb.userprofile.views
14.4. crate_anon/linkage
14.5. crate_anon/nlp_manager
14.6. crate_anon/nlp_webserver
14.7. crate_anon/preprocess
14.8. crate_anon/tools
15. Index of CRATE commands
16. Licences
17. Change log/history
18. Things to do
19. Abbreviations
20. Glossary
CRATE
14.
Automatic documentation of source code
14.3.
crate_anon/crateweb
14.3.143.
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View page source
14.3.143.
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