CRATE

Contents:

  • 1. Overview
  • 2. Package elements in brief
  • 3. Reference publications
  • 4. Installing CRATE
  • 5. Preprocessing tools
  • 6. Anonymisation
  • 7. Natural language processing (NLP)
  • 8. Configuring the CRATE web interface
  • 9. Using the CRATE web interface
  • 10. Ancillary tools
  • 11. FAQs and troubleshooting
  • 12. Linkage tools
  • 13. Additional notes
  • 14. Automatic documentation of source code
    • 14.1. crate_anon/anonymise
    • 14.2. crate_anon/common
    • 14.3. crate_anon/crateweb
      • 14.3.1. crate_anon.crateweb.__init__
      • 14.3.2. crate_anon.crateweb.anonymise_api.__init__
      • 14.3.3. crate_anon.crateweb.anonymise_api.constants
      • 14.3.4. crate_anon.crateweb.anonymise_api.serializers
      • 14.3.5. crate_anon.crateweb.anonymise_api.tests
      • 14.3.6. crate_anon.crateweb.anonymise_api.urls
      • 14.3.7. crate_anon.crateweb.anonymise_api.views
      • 14.3.8. crate_anon.crateweb.config.__init__
      • 14.3.9. crate_anon.crateweb.config.apps
      • 14.3.10. crate_anon.crateweb.config.constants
      • 14.3.11. crate_anon.crateweb.config.settings
      • 14.3.12. crate_anon.crateweb.config.test_settings
      • 14.3.13. crate_anon.crateweb.config.urls
      • 14.3.14. crate_anon.crateweb.config.wsgi
      • 14.3.15. crate_anon.crateweb.consent.__init__
      • 14.3.16. crate_anon.crateweb.consent.celery
      • 14.3.17. crate_anon.crateweb.consent.constants
      • 14.3.18. crate_anon.crateweb.consent.forms
      • 14.3.19. crate_anon.crateweb.consent.lookup
      • 14.3.20. crate_anon.crateweb.consent.lookup_common
      • 14.3.21. crate_anon.crateweb.consent.lookup_crs
      • 14.3.22. crate_anon.crateweb.consent.lookup_dummy
      • 14.3.23. crate_anon.crateweb.consent.lookup_rio
      • 14.3.24. crate_anon.crateweb.consent.lookup_systmone
      • 14.3.25. crate_anon.crateweb.consent.management.__init__
      • 14.3.26. crate_anon.crateweb.consent.management.commands.__init__
      • 14.3.27. crate_anon.crateweb.consent.management.commands.email_rdbm
      • 14.3.28. crate_anon.crateweb.consent.management.commands.fetch_optouts
      • 14.3.29. crate_anon.crateweb.consent.management.commands.lookup_consent
      • 14.3.30. crate_anon.crateweb.consent.management.commands.lookup_patient
      • 14.3.31. crate_anon.crateweb.consent.management.commands.make_ethics_pack
      • 14.3.32. crate_anon.crateweb.consent.management.commands.populate
      • 14.3.33. crate_anon.crateweb.consent.management.commands.resubmit_unprocessed_tasks
      • 14.3.34. crate_anon.crateweb.consent.management.commands.test_email
      • 14.3.35. crate_anon.crateweb.consent.migrations.0001_initial
      • 14.3.36. crate_anon.crateweb.consent.migrations.0002_auto_20160621_1511
      • 14.3.37. crate_anon.crateweb.consent.migrations.0003_auto_20160628_1301
      • 14.3.38. crate_anon.crateweb.consent.migrations.0004_auto_20160703_1530
      • 14.3.39. crate_anon.crateweb.consent.migrations.0005_auto_20170203_1348
      • 14.3.40. crate_anon.crateweb.consent.migrations.0006_auto_20170206_1617
      • 14.3.41. crate_anon.crateweb.consent.migrations.0007_auto_20170228_1052
      • 14.3.42. crate_anon.crateweb.consent.migrations.0008_auto_20170507_1218
      • 14.3.43. crate_anon.crateweb.consent.migrations.0009_auto_20180629_1132
      • 14.3.44. crate_anon.crateweb.consent.migrations.0010_auto_20180629_1238
      • 14.3.45. crate_anon.crateweb.consent.migrations.0011_auto_20181022_0801
      • 14.3.46. crate_anon.crateweb.consent.migrations.0012_auto_20181102_1335
      • 14.3.47. crate_anon.crateweb.consent.migrations.0013_auto_20181223_1124
      • 14.3.48. crate_anon.crateweb.consent.migrations.0014_contactrequest_rdbm_to_contact_pt
      • 14.3.49. crate_anon.crateweb.consent.migrations.0015_auto_20190104_1255
      • 14.3.50. crate_anon.crateweb.consent.migrations.0016_auto_20190212_1118
      • 14.3.51. crate_anon.crateweb.consent.migrations.0017_replace_nullbooleanfield
      • 14.3.52. crate_anon.crateweb.consent.migrations.__init__
      • 14.3.53. crate_anon.crateweb.consent.models
      • 14.3.54. crate_anon.crateweb.consent.storage
      • 14.3.55. crate_anon.crateweb.consent.tasks
      • 14.3.56. crate_anon.crateweb.consent.teamlookup
      • 14.3.57. crate_anon.crateweb.consent.teamlookup_dummy
      • 14.3.58. crate_anon.crateweb.consent.teamlookup_rio
      • 14.3.59. crate_anon.crateweb.consent.teamlookup_systmone
      • 14.3.60. crate_anon/crateweb/consent/templates/charity_report.html
      • 14.3.61. crate_anon/crateweb/consent/templates/clinician_already_responded.html
      • 14.3.62. crate_anon/crateweb/consent/templates/clinician_confirm_response.html
      • 14.3.63. crate_anon/crateweb/consent/templates/clinician_contact_request_result.html
      • 14.3.64. crate_anon/crateweb/consent/templates/clinician_contact_request_submit.html
      • 14.3.65. crate_anon/crateweb/consent/templates/clinician_notes.html
      • 14.3.66. crate_anon/crateweb/consent/templates/clinician_response.html
      • 14.3.67. crate_anon/crateweb/consent/templates/clinician_response.js
      • 14.3.68. crate_anon/crateweb/consent/templates/consent_lookup_get_nhs.html
      • 14.3.69. crate_anon/crateweb/consent/templates/consent_lookup_result.html
      • 14.3.70. crate_anon/crateweb/consent/templates/consent_table.html
      • 14.3.71. crate_anon/crateweb/consent/templates/contact_after_discharge_permission_phrase.html
      • 14.3.72. crate_anon/crateweb/consent/templates/contact_request_result.html
      • 14.3.73. crate_anon/crateweb/consent/templates/contact_request_submit.html
      • 14.3.74. crate_anon/crateweb/consent/templates/decision_form_to_patient_re_study.html
      • 14.3.75. crate_anon/crateweb/consent/templates/discharged_phrase.html
      • 14.3.76. crate_anon/crateweb/consent/templates/email_clinician.html
      • 14.3.77. crate_anon/crateweb/consent/templates/email_clinician_initiated_cr.html
      • 14.3.78. crate_anon/crateweb/consent/templates/email_rdbm_bad_progress.html
      • 14.3.79. crate_anon/crateweb/consent/templates/email_rdbm_good_progress.html
      • 14.3.80. crate_anon/crateweb/consent/templates/email_rdbm_new_work_pt_from_clinician.html
      • 14.3.81. crate_anon/crateweb/consent/templates/email_rdbm_new_work_pt_from_rdbm.html
      • 14.3.82. crate_anon/crateweb/consent/templates/email_rdbm_new_work_researcher.html
      • 14.3.83. crate_anon/crateweb/consent/templates/email_researcher_approval.html
      • 14.3.84. crate_anon/crateweb/consent/templates/email_researcher_withdrawal.html
      • 14.3.85. crate_anon/crateweb/consent/templates/exclusion_report.html
      • 14.3.86. crate_anon/crateweb/consent/templates/generate_random_nhs.html
      • 14.3.87. crate_anon/crateweb/consent/templates/letter_patient_confirm_traffic.html
      • 14.3.88. crate_anon/crateweb/consent/templates/letter_patient_first_traffic_light.html
      • 14.3.89. crate_anon/crateweb/consent/templates/letter_patient_from_clinician_re_study.html
      • 14.3.90. crate_anon/crateweb/consent/templates/letter_researcher_approve.html
      • 14.3.91. crate_anon/crateweb/consent/templates/letter_researcher_to_patient_cover_letter_template.html
      • 14.3.92. crate_anon/crateweb/consent/templates/letter_researcher_withdraw.html
      • 14.3.93. crate_anon/crateweb/consent/templates/office_div.html
      • 14.3.94. crate_anon/crateweb/consent/templates/patient_lookup_get_nhs.html
      • 14.3.95. crate_anon/crateweb/consent/templates/patient_lookup_result.html
      • 14.3.96. crate_anon/crateweb/consent/templates/patient_p.html
      • 14.3.97. crate_anon/crateweb/consent/templates/patient_table.html
      • 14.3.98. crate_anon/crateweb/consent/templates/phrase_green.html
      • 14.3.99. crate_anon/crateweb/consent/templates/phrase_never_affect.html
      • 14.3.100. crate_anon/crateweb/consent/templates/phrase_never_affect_personal.html
      • 14.3.101. crate_anon/crateweb/consent/templates/phrase_red.html
      • 14.3.102. crate_anon/crateweb/consent/templates/phrase_yellow.html
      • 14.3.103. crate_anon/crateweb/consent/templates/signature_box_patient.html
      • 14.3.104. crate_anon/crateweb/consent/templates/study_table.html
      • 14.3.105. crate_anon/crateweb/consent/templates/test_email_rdbm_ack.html
      • 14.3.106. crate_anon/crateweb/consent/templates/traffic_light_decision_form.html
      • 14.3.107. crate_anon.crateweb.consent.utils
      • 14.3.108. crate_anon.crateweb.consent.views
      • 14.3.109. crate_anon.crateweb.core.__init__
      • 14.3.110. crate_anon.crateweb.core.admin
      • 14.3.111. crate_anon.crateweb.core.auth_views
      • 14.3.112. crate_anon.crateweb.core.constants
      • 14.3.113. crate_anon.crateweb.core.context_processors
      • 14.3.114. crate_anon.crateweb.core.management.__init__
      • 14.3.115. crate_anon.crateweb.core.management.commands.__init__
      • 14.3.116. crate_anon.crateweb.core.management.commands.ensuresuperuser
      • 14.3.117. crate_anon.crateweb.core.management.commands.runcpserver
      • 14.3.118. crate_anon.crateweb.core.middleware
      • 14.3.119. crate_anon.crateweb.core.utils
      • 14.3.120. crate_anon.crateweb.core.views
      • 14.3.121. crate_anon.crateweb.extra.__init__
      • 14.3.122. crate_anon.crateweb.extra.admin
      • 14.3.123. crate_anon.crateweb.extra.pdf
      • 14.3.124. crate_anon.crateweb.extra.salutation
      • 14.3.125. crate_anon.crateweb.manage
      • 14.3.126. crate_anon.crateweb.research.__init__
      • 14.3.127. crate_anon.crateweb.research.archive_backend
      • 14.3.128. crate_anon.crateweb.research.archive_func
      • 14.3.129. crate_anon.crateweb.research.errors
      • 14.3.130. crate_anon.crateweb.research.forms
      • 14.3.131. crate_anon.crateweb.research.html_functions
      • 14.3.132. crate_anon.crateweb.research.migrations.0001_initial
      • 14.3.133. crate_anon.crateweb.research.migrations.0002_auto_20170203_1348
      • 14.3.134. crate_anon.crateweb.research.migrations.0003_patientexplorer_patientexploreraudit
      • 14.3.135. crate_anon.crateweb.research.migrations.0004_auto_20170212_0137
      • 14.3.136. crate_anon.crateweb.research.migrations.0005_query_sql_hash
      • 14.3.137. crate_anon.crateweb.research.migrations.0006_patientexplorer_pmq_hash
      • 14.3.138. crate_anon.crateweb.research.migrations.0007_sitewidequery
      • 14.3.139. crate_anon.crateweb.research.migrations.0008_query_display
      • 14.3.140. crate_anon.crateweb.research.migrations.0009_query_no_null
      • 14.3.141. crate_anon.crateweb.research.migrations.0010_query_last_run
      • 14.3.142. crate_anon.crateweb.research.migrations.0011_auto_20190521_2109
      • 14.3.143. crate_anon.crateweb.research.migrations.0012_archiveattachmentaudit_archivetemplateaudit
      • 14.3.144. crate_anon.crateweb.research.migrations.__init__
      • 14.3.145. crate_anon.crateweb.research.models
      • 14.3.146. crate_anon.crateweb.research.research_db_info
      • 14.3.147. crate_anon.crateweb.research.sql_writer
      • 14.3.148. crate_anon/crateweb/research/templates/clinician_form_all_text_from_pid.html
      • 14.3.149. crate_anon/crateweb/research/templates/clinician_form_all_text_from_pid_choose_db.html
      • 14.3.150. crate_anon/crateweb/research/templates/database_structure.html
      • 14.3.151. crate_anon/crateweb/research/templates/database_structure_table.html
      • 14.3.152. crate_anon/crateweb/research/templates/database_structure_tree.html
      • 14.3.153. crate_anon/crateweb/research/templates/edit_display.html
      • 14.3.154. crate_anon/crateweb/research/templates/highlight_bad_id.html
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      • 14.3.158. crate_anon/crateweb/research/templates/local_structure_help.html
      • 14.3.159. crate_anon/crateweb/research/templates/page_nav_results.html
      • 14.3.160. crate_anon/crateweb/research/templates/pe_bad.html
      • 14.3.161. crate_anon/crateweb/research/templates/pe_bad_id.html
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      • 14.3.163. crate_anon/crateweb/research/templates/pe_choose.html
      • 14.3.164. crate_anon/crateweb/research/templates/pe_df_result.html
      • 14.3.165. crate_anon/crateweb/research/templates/pe_missing.html
      • 14.3.166. crate_anon/crateweb/research/templates/pe_monster_result.html
      • 14.3.167. crate_anon/crateweb/research/templates/pe_result.html
      • 14.3.168. crate_anon/crateweb/research/templates/pe_table_browser.html
      • 14.3.169. crate_anon/crateweb/research/templates/pid_abbrev_explanation.html
      • 14.3.170. crate_anon/crateweb/research/templates/pid_lookup_choose_db.html
      • 14.3.171. crate_anon/crateweb/research/templates/pid_lookup_form.html
      • 14.3.172. crate_anon/crateweb/research/templates/pid_lookup_result.html
      • 14.3.173. crate_anon/crateweb/research/templates/query_add_sitewide.html
      • 14.3.174. crate_anon/crateweb/research/templates/query_bad.html
      • 14.3.175. crate_anon/crateweb/research/templates/query_bad_id.html
      • 14.3.176. crate_anon/crateweb/research/templates/query_build.html
      • 14.3.177. crate_anon/crateweb/research/templates/query_count.html
      • 14.3.178. crate_anon/crateweb/research/templates/query_edit_select.html
      • 14.3.179. crate_anon/crateweb/research/templates/query_missing.html
      • 14.3.180. crate_anon/crateweb/research/templates/query_nav.html
      • 14.3.181. crate_anon/crateweb/research/templates/query_none_selected.html
      • 14.3.182. crate_anon/crateweb/research/templates/query_result.html
      • 14.3.183. crate_anon/crateweb/research/templates/query_show.html
      • 14.3.184. crate_anon/crateweb/research/templates/querybuilder_extrahead.html
      • 14.3.185. crate_anon/crateweb/research/templates/querybuilder_form.html
      • 14.3.186. crate_anon/crateweb/research/templates/rid_lookup_choose_db.html
      • 14.3.187. crate_anon/crateweb/research/templates/rid_lookup_form.html
      • 14.3.188. crate_anon/crateweb/research/templates/rid_lookup_result.html
      • 14.3.189. crate_anon/crateweb/research/templates/show_sitewide_queries.html
      • 14.3.190. crate_anon/crateweb/research/templates/source_information.html
      • 14.3.191. crate_anon/crateweb/research/templates/sql_fragment.html
      • 14.3.192. crate_anon/crateweb/research/templates/sqlhelper_form_drug_type_choose_db.html
      • 14.3.193. crate_anon/crateweb/research/templates/sqlhelper_form_drugtype.html
      • 14.3.194. crate_anon/crateweb/research/templates/sqlhelper_form_text_anywhere.html
      • 14.3.195. crate_anon/crateweb/research/templates/sqlhelper_form_text_anywhere_choose_db.html
      • 14.3.196. crate_anon.crateweb.research.tests.factories
      • 14.3.197. crate_anon.crateweb.research.tests.models_tests
      • 14.3.198. crate_anon.crateweb.research.tests.sql_writer_tests
      • 14.3.199. crate_anon.crateweb.research.views
      • 14.3.200. crate_anon/crateweb/specimen_archives/basic/clinical_documents.mako
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      • 14.3.205. crate_anon/crateweb/specimen_archives/basic/root.mako
      • 14.3.206. crate_anon/crateweb/specimen_archives/basic/search.mako
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      • 14.3.210. crate_anon/crateweb/specimen_archives/basic/test_subpanel_1.mako
      • 14.3.211. crate_anon/crateweb/specimen_archives/basic/test_subpanel_2.mako
      • 14.3.212. crate_anon/crateweb/specimen_archives/static/archive.css
      • 14.3.213. crate_anon/crateweb/specimen_archives/static/tree.js
      • 14.3.214. crate_anon/crateweb/specimen_archives/tree/inherit/base.mako
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      • 14.3.216. crate_anon/crateweb/specimen_archives/tree/nonpatient_root.mako
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      • 14.3.219. crate_anon/crateweb/specimen_archives/tree/panels/nlp.mako
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      • 14.3.222. crate_anon/crateweb/specimen_archives/tree/patient_root.mako
      • 14.3.223. crate_anon/crateweb/specimen_archives/tree/root.mako
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CRATE
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