CRATE
1. Introduction
2. Installing CRATE
3. Preprocessing tools
4. Anonymisation
5. Natural language processing (NLP)
6. Configuring the CRATE web interface
7. Using the CRATE web interface
8. Ancillary tools
9. FAQs and troubleshooting
10. Linkage tools
11. Additional notes
12. Automatic documentation of source code
12.1. crate_anon/anonymise
12.2. crate_anon/common
12.3. crate_anon/crateweb
12.4. crate_anon/linkage
12.5. crate_anon/nlp_manager
12.5.1. crate_anon/nlp_manager/CrateGatePipeline.java
12.5.2. crate_anon/nlp_manager/CrateMedexPipeline.java
12.5.3. crate_anon.nlp_manager.__init__
12.5.4. crate_anon.nlp_manager.all_processors
12.5.5. crate_anon.nlp_manager.base_nlp_parser
12.5.6. crate_anon.nlp_manager.build_gate_java_interface
12.5.7. crate_anon.nlp_manager.build_medex_itself
12.5.8. crate_anon.nlp_manager.build_medex_java_interface
12.5.9. crate_anon.nlp_manager.cloud_config
12.5.10. crate_anon.nlp_manager.cloud_parser
12.5.11. crate_anon.nlp_manager.cloud_request
12.5.12. crate_anon.nlp_manager.cloud_request_sender
12.5.13. crate_anon.nlp_manager.cloud_run_info
12.5.14. crate_anon.nlp_manager.constants
12.5.15. crate_anon.nlp_manager.input_field_config
12.5.16. crate_anon.nlp_manager.launch_multiprocess_nlp
12.5.17. crate_anon.nlp_manager.models
12.5.18. crate_anon.nlp_manager.nlp_definition
12.5.19. crate_anon.nlp_manager.nlp_manager
12.5.20. crate_anon.nlp_manager.number
12.5.21. crate_anon.nlp_manager.output_user_config
12.5.22. crate_anon.nlp_manager.parse_biochemistry
12.5.23. crate_anon.nlp_manager.parse_clinical
12.5.24. crate_anon.nlp_manager.parse_cognitive
12.5.25. crate_anon.nlp_manager.parse_gate
12.5.26. crate_anon.nlp_manager.parse_haematology
12.5.27. crate_anon.nlp_manager.parse_medex
12.5.28. crate_anon.nlp_manager.parse_substance_misuse
12.5.29. crate_anon.nlp_manager.prepare_umls_for_bioyodie
12.5.30. crate_anon.nlp_manager.processor_helpers
12.5.31. crate_anon.nlp_manager.regex_func
12.5.32. crate_anon.nlp_manager.regex_numbers
12.5.33. crate_anon.nlp_manager.regex_parser
12.5.34. crate_anon.nlp_manager.regex_read_codes
12.5.35. crate_anon.nlp_manager.regex_units
12.5.36. crate_anon.nlp_manager.run_crate_nlp_demo
12.5.37. crate_anon.nlp_manager.run_gate_annie_demo
12.5.38. crate_anon.nlp_manager.run_gate_kcl_kconnect_demo
12.5.39. crate_anon.nlp_manager.run_gate_kcl_lewy_demo
12.5.40. crate_anon.nlp_manager.run_gate_kcl_pharmacotherapy_demo
12.5.41. crate_anon.nlp_manager.show_crate_gate_pipeline_options
12.5.42. crate_anon.nlp_manager.show_crate_medex_pipeline_options
12.5.43. crate_anon.nlp_manager.tests.__init__
12.5.44. crate_anon.nlp_manager.tests.all_processors_tests
12.5.45. crate_anon.nlp_manager.tests.cloud_request_process_tests
12.5.46. crate_anon.nlp_manager.tests.cloud_request_sender_tests
12.5.47. crate_anon.nlp_manager.tests.input_field_config_tests
12.5.48. crate_anon.nlp_manager.tests.nlp_parser_tests
12.5.49. crate_anon.nlp_manager.tests.parse_biochemistry_tests
12.5.50. crate_anon.nlp_manager.tests.parse_clinical_tests
12.5.51. crate_anon.nlp_manager.tests.parse_cognitive_tests
12.5.52. crate_anon.nlp_manager.tests.parse_haematology_tests
12.5.53. crate_anon.nlp_manager.tests.parse_substance_misuse_tests
12.5.54. crate_anon.nlp_manager.tests.regex_numbers_tests
12.5.55. crate_anon.nlp_manager.tests.regex_parser_tests
12.5.56. crate_anon.nlp_manager.tests.regex_read_codes_tests
12.5.57. crate_anon.nlp_manager.tests.regex_test_helperfunc
12.5.58. crate_anon.nlp_manager.tests.regex_units_tests
12.5.59. crate_anon.nlp_manager.write_gate_auto_install_xml
12.6. crate_anon/nlp_webserver
12.7. crate_anon/preprocess
12.8. crate_anon/testing
12.9. crate_anon/tools
13. Index of CRATE commands
14. Licences
15. Change log/history
16. Abbreviations
17. Glossary
CRATE
12.
Automatic documentation of source code
12.5.
crate_anon/nlp_manager
12.5.45.
crate_anon.nlp_manager.tests.cloud_request_process_tests
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12.5.45.
crate_anon.nlp_manager.tests.cloud_request_process_tests